Die Cathédrale Saint-Bénigne in Dijon ist ein gotischer Bau, dessen erste Strukturen auf das 13. Ursprünglich gehörte die Kirche zur Abtei Saint-Bénigne und wurde erst 1792 als Kathedrale anerkannt. Davor galt die Kirche Saint-Etienne in Dijon als Kathedrale der Stadt. Während die ehemalige Abteikirche erst 1862 unter Denkmalschutz gestellt wurde, wurde ihre Krypta bereits 1846 einbezogen.
Die Krypta wurde von einem Bischof während der Herrschaft von Chlodwig I. im Jahr 511 errichten lassen. Ursprünglich sollte die Krypta den Sarkophag des Heiligen Bénigne de Dijon, eines christlichen Märtyrers aus dem 2. Jahrhundert, beherbergen. Nach diesem ersten Bau wurde im Jahr 535 eine Basilika über der Krypta errichtet. Dieses Gebäude blieb bis 871 unverändert.