Der botanische Garten geht auf das Jahr 1779 zurück, als der Lehrstuhl für Naturgeschichte und Botanik von der Königlichen Akademie eingerichtet wurde.
Der Senat stiftete ein Grundstück auf der Bastion von Porta Carini, um dort Heilpflanzen zu Lehrzwecken anzubauen. Er wurde 1795 eingeweiht und im Laufe der Jahre mehrfach erweitert, bis er heute nicht weniger als 10 Hektar umfasst!