Die Geschichte des Museums begann mit der Gründung der Art Association of Montreal, deren Ziel es war, die Öffentlichkeit für die schönen Künste zu begeistern.
Jahrzehntelang reiste diese Gruppe umher, da sie keine Räumlichkeiten hatte, um die von ihr gesammelten oder ihr geliehenen Werke aufzubewahren. Im Jahr 1877 stiftete ein Geschäftsmann aus Montreal dem Verein Gemälde, Bronzestatuen und 8.000 Dollar unter der Bedingung, dass innerhalb von drei Jahren ein Museum gebaut würde. Zwei Jahre später weihte der Generalgouverneur von Kanada die Kunstgalerie der Art Association of Montreal ein, ein Gebäude, das speziell für die Unterbringung einer Kunstsammlung konzipiert war.
Anfang der 1900er Jahre zwang eine neue Schenkung von Werken durch einen Sammler die Galerie dazu, einen größeren Raum in Betracht zu ziehen. Nach zwei Jahren Bauzeit wurde das neue Museum in der Sherbrooke Street an seinem heutigen Standort eröffnet. Heute ist das Musée des Beaux-Arts eines der meistbesuchten Kunstmuseen in Kanada.